At ikke alle programmer på en PC vil fungerer skikkelig under Vista er ikke ukjent, men listen kan være lengre enn hva mange har trodd.
Det er også et viktig skille som avgjør hvor store utfordringer enkeltbrukere eller IT-sjefer som eier mange PCer får. Enkelte programmer sliter med å kjøre under Vista, mens andre får problemer når de skal installeres under Vista. Det er dermed forskjell om man oppgraderer man en maskin eller installere på en ny Vista-maskin.
Det svenske PC-bladet "PC för Alla" har testet 46 populære, vanlige PC-programmer og funnet problemer med 20 av dem - enten når de skal brukes eller de skal installeres.
Blant annet er det problemer med å installere Adobe Photoshop CS2 og hverken Nokia eller Sony Ericssons programmer for å synkronisere mobiler med PCen kan brukes under Vista.
