Justisdepartementet i Washington avviser at Lessig skulle være inhabil, og utfordrer Microsoft til å formalisere anklagen om partiskhet framfor å henvende seg direkte til Lessig. Microsoft har også tidligere protestert mot utnevnelsen av Lessig til "special master". Utnevnelsen betyr at han har ansvar for å gå gjennom hele sakskomplekset og levere en betenkning til dommer Thomas Penfield Jackson innen 31 mai. Betenkningen ventes å være utslagsgivende for hele saken.
Bakgrunnen for Microsofts nye protest mot Lessig er en e-post-utveksling Lessig tidligere har hatt med jurister innen Netscape Communications. Departementet offentliggjorde avskrifter av denne e-post-utvekslingen på nyttårsaften, etter et møte mellom partene og dommeren. E-posten er nå offentlig tilgjengelig, blant annet fra nettstedet til Wall Street Journal, der man også kan lese hele brevet fra Microsoft til Lessig.
I sin melding klager Lessig over at han har installert Internet Explorer 3.0 på sin Mac for å være med på en konkurranse. "Neste gang jeg gikk inn i Netscape, var alle bokmerkene mine forskrudd. Var det IE som gjorde dette?" Hans korrespondent Peter Harter forteller at meldingen er sendt videre til en annen jurist i Netscape, Eric Bradley, og til sjefen for Netscapes juridiske avdeling Roberta Katz. Bradley svarer at han ikke har brukt IE på sin Mac, men forteller om andres mareritt med IE og Windows 95. Lessig gir uttrykk for sinne og nevner at Microsoft burde saksøkes, mens Bradley sier han "hater" Microsoft.
Den nyeste meldingen i denne e-post-utvekslingen er datert 29. juli 1997.
I brevet til Lessig, datert 5. januar og formidlet per faks, viser Microsoft til de mer følelsesladde setningene i denne e-post-utvekslingen, og til det faktum at Lessig uttrykker anti-Microsoft-følelser i e-post med representanter for Microsofts fremste rival, som tegn på at Lessig er tilhenger av Netscape, og motstander av Microsoft.
Dette er "å være klart forutinntatt mot Microsoft, og diskvalifiserer deg fra enhver videre befatning med denne saken". Microsoft hevder også at Lessig, straks han ble bedt om å ta stillingen som "special master", burde ha gjort rede for både e-post-utvekslingen og for sine forbindelser med jurister hos Netscape.
Microsofts brev trekker også fram Lessigs deltakelse på et åpent Harvard-seminar i februar i fjor, der et av temaene (det sjuende) het "Skal vi la Microsoft svelge Internettet?", og der en av innlederne var Gary Reback, en advokat viden kjent for sitt engasjement mot Microsoft. Det går fram av referatene fra dette seminaret at Lessig har stilt Reback et spørsmål om "hva lags løsning han ønsker å se i et dekret mot Microsoft", noe Microsoft anfører som nok et argument for at Lessig bør trekke seg.
At referater fra diskusjonen om et annet tema på seminaret - innlemmelsen av Internet Explorer i Windows 95 - er fjernet fra Harvards nettsted, i motsetning til de andre referatene, er også noe Microsoft betrakter som mistenkelig. Microsoft ber om at Lessig gjør referatene offentlig tilgjengelige, og at han også gjør rede for all øvrig korrespondanse og kontakt med jurister og andre medarbeidere hos Netscape.
Dommeren skal ha en høring i sakskomplekset 13. januar, først og fremst for å behandle departementets klage om at Microsoft viser ringeakt for retten ved den måten den etterfølger påbudet fra 11. desember om å la PC-leverandører levere Windows 95-PC-er uten Internet Explorer. Ifølge Reuters vil han trolig også be partene kommentere spørsmålet om Lessigs habilitet.
