Cray startet Cray Research Inc i 1972. Selskapet har lenge vært synonymt med superdatamaskiner. Første juli i år ble selskapet fusjonert inn i Silicon Graphics. Cray selv hoppet av for et par år siden. I 1995 gikk hans nye selskap, Cray Computer Corp., konkurs etter at de ikke lykkes i å tiltrekke seg 20 millioner investor-dollar.
Cray ble skadet i en bilulykke for et par uker siden, og lå i koma inntil han avgikk ved døden lørdag morgen.