Norsk søkebrikke skal løse DNA-ets hemmeligheter

Nå gjenoppstår søkebrikken Fast Search & Transfer arbeidet med på 90-tallet. Den nye brikken klarer å finne mønstre i gener som ingen andre klarer, hevder Interagon.

Trondheimsbaserte Interagon kan være i ferd med å lage et norskt IT-produkt som åpner helt nye muligheter innen genforskning. Brikken klarer å finne og matche mønstre i genstrukturer flere tusen ganger raskere enn en vanlig Pentium-prosessor.

Teknologien stammer fra NTNU i Trondheim og det arbeidet som blant andre professor Arne Halaas gjorde tidlig på 90-tallet. Da ble teknikken kommersialisert gjennom en søkebrikke med navnet MS-160 som kunne gjøre lynraske tekstsøk. Men høye minnepriser gjorde at brikken raskt ble skrinlagt.

Senere på 90-tallet dukket teknologien på nytt opp hos søkeselskapet Fast, som laget flere prototyper for bruk i selskapets Internett-søkemotor. Men bedre programvare og fallende priser på standard maskinvare gjorde at Fast la teknologien i skuffen. Fast lå dessuten i en strid med MRT Micro om rettigheter til teknologien.

Men i februar i år skilte Fast ut teknologien i et eget selskap. Interagon er basert på NTNU og eies 25 prosent av Fast. Resten er fordelt på Erik Must, investeringsselskapet Alliance Venture og noen av de ansatte.

- Nå er søkebrikken klar for produksjon, forteller Alliance Venture-medeier Erling Martmann-Moe til digi.no.

Bildet viser to brikker, en fra oversiden og en som er snudd med tilkoblingsbena opp.

Prinsippet bak søkeprosessoren som Interagon kaller Pattern Matching Chip er i utgangspunktet greit: I stedet for å bruke en generell PC-prosessor som kan utføre svært mange typer oppgaver, kan du lage én spesialisert brikke som er ekstremt flink til én type regneoperasjoner.

- Å sammenligne mønstre i genstrukturer er ekstremt mye mer krevende enn dagens Internett-søk der man leter etter et ord i en tekst, forteller nyansatt administrerende direktør Thomas Grünfelt til digi.no.

At Grünfelt fikk jobben er ingen tilfeldighet - han besitter den sjeldne kombinasjonen av legeutdannelse og erfaring med genforskning med erfaring som McKinsey-konsulent.

- Med vår søkebrikke kan du løse oppgaver som du ellers må bygge superdatamaskiner for å løse. Fordi prisen blir så mye lavere, vil vår brikke åpne for testing og forskning som før var utenkelig, hevder han.

Søkebrikken er i utgangspunktet ferdig.

- De første eksemplarene brukes allerede i oppdrag for både kommersielle bedrifter og akademiske miljøer, forteller daglig leder Olav Birkeland til digi.no.

Hvem dette er vil ikke selskapet røpe overfor digi.no. I løpet av nær fremtid vil Interagon motta brikken fra andre prøveproduksjon. Når brikken skal produseres i større volum og av hvem er ikke avklart, men bildet digi.no har mottat av de første brikkene har en Philips-logo påklistret.

Men det er mange selskaper som kan produsere den.

- Brikken har 12 millioner transistorer og produseres med standard 0,18 micron-teknologi. Dette gir en brikke som benytter under en tredjedel av antallet transistorer av det du finner i Intels nyeste Pentium-brikke, og prisen vil ligge på en del tusenlapper selv om vi ikke starter storskala-produksjon, forteller Birkeland til digi.no.

For å kunne søke i gendata og finne genmønstere som matcher, skal prosessoren monteres på et standard PCI-innstikkskort til en PC. Men fordi brikken kan søke så fort, må data som det skal søkes i lagres lokalt på kortet. Interagon ser for seg at en første versjon av kortet vil ha 2 GB minne.

- Vi kan starte salget over sommeren. Nå arbeider vi med forretningsplanen, forteller Grünfelt til digi.no. Vi har ikke avgjort om vi skal tilby ferdige søketjenester, bare selge prosessoren eller lage ferdige kort selv.

Nettsidene til selskapet avslører noe av ambisjonene: Man har allerede opprettet et kontor i Foster City midt i Silicon Valley.

I denne artikkelen fra NTNU kan du lese mer om hvordan Interagon-brikken kan brukes til genforskning og testing.

Til toppen